Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

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Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

l0f4r0
Bonjour,

Dans les calculs distribués pour participer à l'effort informatique Covid-19, que pensez-vous des projets suivants svp ?
* Folding@home (https://foldingathome.org/) => https://foldingathome.org/covid19/
* Rosetta@home (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/) => https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13533

Ces projets ne datent pas d'hier (cad ils ne sont pas spécifiques Covid à la base). Ils ont pris pas mal d'ampleur avec le temps et on en entend naturellement plus parler en ce moment avec la crise sanitaire.

Un peu dans la continuité des discussions entamées sur la liste :
1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ? Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?
2) Sur quels critères vous baseriez-vous pour en choisir un plutôt que l'autre (facilité d'installation, ouverture du code des clients, taille de la communauté, objectif des calculs, disponibilité/fréquence des travaux à effectuer, support...) ?
3) Que pensez-vous de la démarche globalement ?
4) En connaissez-vous d'autres dans le cadre de Covid ?
5) Peut-être voulez-vous parler de vos équipes respectives ?

Merci par avance pour vos retours.

Bien cordialement,
l0f4r0

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

lann-2
Bonjour

Personnellement, j'ai choisi la facilité : j'ai installé BOINC et
Rosetta.
J'ai regardé si les codes sources étaient disponibles : apparemment non
pour les deux projets.


Cordialement

Le Tue, 31 Mar 2020 19:42:13 +0200 (CEST),
[hidden email] a écrit :

> Bonjour,
>
> Dans les calculs distribués pour participer à l'effort informatique
> Covid-19, que pensez-vous des projets suivants svp ?
> * Folding@home
> (https://foldingathome.org/) => https://foldingathome.org/covid19/
> * Rosetta@home
> (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/) => https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13533
>
> Ces projets ne datent pas d'hier (cad ils ne sont pas spécifiques
> Covid à la base). Ils ont pris pas mal d'ampleur avec le temps et on
> en entend naturellement plus parler en ce moment avec la crise
> sanitaire.
>
> Un peu dans la continuité des discussions entamées sur la liste :
> 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian
> (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ?
> Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ? 2) Sur quels critères
> vous baseriez-vous pour en choisir un plutôt que l'autre (facilité
> d'installation, ouverture du code des clients, taille de la
> communauté, objectif des calculs, disponibilité/fréquence des travaux
> à effectuer, support...) ? 3) Que pensez-vous de la démarche
> globalement ? 4) En connaissez-vous d'autres dans le cadre de Covid ?
> 5) Peut-être voulez-vous parler de vos équipes respectives ?
>
> Merci par avance pour vos retours.
>
> Bien cordialement,
> l0f4r0
>

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

yves.croison
In reply to this post by l0f4r0
Pour des informations plus complètes vous pouvez aussi vous rendre sur
le forum de l'alliance Francophone

( https://forum.boinc-af.org/ )

Aussi sur le topic des libristes (
https://forum.boinc-af.org/index.php/topic,3628.0.html )

Le 31/03/2020 à 19:42, [hidden email] a écrit :

> Bonjour,
>
> Dans les calculs distribués pour participer à l'effort informatique Covid-19, que pensez-vous des projets suivants svp ?
> * Folding@home (https://foldingathome.org/) => https://foldingathome.org/covid19/
> * Rosetta@home (https://boinc.bakerlab.org/rosetta/) => https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13533
>
> Ces projets ne datent pas d'hier (cad ils ne sont pas spécifiques Covid à la base). Ils ont pris pas mal d'ampleur avec le temps et on en entend naturellement plus parler en ce moment avec la crise sanitaire.
>
> Un peu dans la continuité des discussions entamées sur la liste :
> 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ? Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?
> 2) Sur quels critères vous baseriez-vous pour en choisir un plutôt que l'autre (facilité d'installation, ouverture du code des clients, taille de la communauté, objectif des calculs, disponibilité/fréquence des travaux à effectuer, support...) ?
> 3) Que pensez-vous de la démarche globalement ?
> 4) En connaissez-vous d'autres dans le cadre de Covid ?
> 5) Peut-être voulez-vous parler de vos équipes respectives ?
>
> Merci par avance pour vos retours.
>
> Bien cordialement,
> l0f4r0
>

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

François LE GAD
In reply to this post by l0f4r0
Le 31/03/2020 à 19:42, [hidden email] a écrit :
> 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ? Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?

Foldingathome.
On peut se contenter de télécharger et d'installer le paquet fahclient.
Le port 8080 doit être ouvert en sortie. Il n'y a pas de connexions
entrantes. Fahclient va se connecter régulièrement aux serveurs pour
voir s'il y a du travail.

Le paquet fahcontrol est facultatif. Il permet de voir ce qui se passe
et de ralentir ou suspendre les calculs au besoin. Son installation est
un peu plus compliquée, les dépendances se trouvant dans les dépôts
Stretch (à ajouter dans le sources.list, au moins le temps de l'installer).

Fahviewer : je ne l'ai pas installé.

--
François

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

Jean-Philippe MENGUAL-3



Jean-Philippe MENGUAL
       
Le 01/04/2020 à 11:31, François LE GAD a écrit :

> Le 31/03/2020 à 19:42, [hidden email] a écrit :
>> 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian
>> (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ?
>> Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?
>
> Foldingathome.
> On peut se contenter de télécharger et d'installer le paquet fahclient.
> Le port 8080 doit être ouvert en sortie. Il n'y a pas de connexions
> entrantes. Fahclient va se connecter régulièrement aux serveurs pour
> voir s'il y a du travail.

Moi je voulais essayer voire le déployer mais sur des laptops il fait
enflammer le ventilateur. Donc j'ai renoncé

>
> Le paquet fahcontrol est facultatif. Il permet de voir ce qui se passe
> et de ralentir ou suspendre les calculs au besoin. Son installation est
> un peu plus compliquée, les dépendances se trouvant dans les dépôts
> Stretch (à ajouter dans le sources.list, au moins le temps de l'installer).
>
> Fahviewer : je ne l'ai pas installé.
>

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

Michel Campfort
Le 01/04/2020 à 11:50, Jean-Philippe MENGUAL a écrit :

>
> Moi je voulais essayer voire le déployer mais sur des laptops il fait
> enflammer le ventilateur. Donc j'ai renoncé
>

Il tourne chez moi depuis plus de 10 ans, non stop sauf les vacances.
Actuellement sur un I7 4770K à 3.9 GHz, avec un Noctua de 150mm,
la température est de 60°C en moyenne.

Sur un portable, un Asus en I7, c'est comme tu le signales, tout dans le
rouge.

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

François LE GAD
In reply to this post by Jean-Philippe MENGUAL-3
Le 01/04/2020 à 11:42, Jean-Philippe MENGUAL a écrit :
> Moi je voulais essayer voire le déployer mais sur des laptops il fait
> enflammer le ventilateur. Donc j'ai renoncé

40 à 45° sur mon portable Asus Vivobook 17"

--
François

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

Étienne Mollier
In reply to this post by François LE GAD
François LE GAD, on 2020-04-01 11:31:20 +0200:

> Le 31/03/2020 à 19:42, [hidden email] a écrit :
> > 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ? Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?
>
> Foldingathome.
> On peut se contenter de télécharger et d'installer le paquet fahclient. Le
> port 8080 doit être ouvert en sortie. Il n'y a pas de connexions entrantes.
> Fahclient va se connecter régulièrement aux serveurs pour voir s'il y a du
> travail.
>
> Le paquet fahcontrol est facultatif. Il permet de voir ce qui se passe et de
> ralentir ou suspendre les calculs au besoin. Son installation est un peu
> plus compliquée, les dépendances se trouvant dans les dépôts Stretch (à
> ajouter dans le sources.list, au moins le temps de l'installer).
>
> Fahviewer : je ne l'ai pas installé.
Rosetta@home.
Le projet fait partie de la liste officielle de Boinc, qui ne
nécessite pas de paquets externes pour être installé sur Debian.
De plus cela se marie bien avec l'inscription aux autres projets
Boinc puisque c'est le même ordonnanceur qui sera utilisé pour
exécuter l'ensemble hétérogène de jobs sur la machine.

Le paquet boinc-manager fournit la commande boincmgr, qui permet
graphiquement de gérer les projets auxquels on est inscrit,
ainsi que de paramêtrer les conditions dans lesquelles les jobs
sont exécutés.

Le paquet bointui fournit une interface pseudo-graphique ncurses
à peu près similaire.  La commande boinccmd fournie par le
paquet boinc-client dont dépend boinc-manager permet d'intégrer
la gestion des jobs dans des scripts maison.

Amicalement,
--
Étienne Mollier <[hidden email]>
Fingerprint:  5ab1 4edf 63bb ccff 8b54  2fa9 59da 56fe fff3 882d
Et Hip, Hip, Hip, Hourra !   Pour le personnel infirmier !   \o/

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

Étienne Mollier
In reply to this post by Michel Campfort
Michel, on 2020-04-01 12:00:37 +0200:

> Le 01/04/2020 à 11:50, Jean-Philippe MENGUAL a écrit :
> > Moi je voulais essayer voire le déployer mais sur des laptops il fait
> > enflammer le ventilateur. Donc j'ai renoncé
>
> Il tourne chez moi depuis plus de 10 ans, non stop sauf les vacances.
> Actuellement sur un I7 4770K à 3.9 GHz, avec un Noctua de 150mm,
> la température est de 60°C en moyenne.
>
> Sur un portable, un Asus en I7, c'est comme tu le signales, tout dans le
> rouge.
Effectivement, l'installation de programmes dont le but est de
faire usage du CPU peut poser problème aux machines qui ont des
problèmes de refroidissement ou d'alimentation.  Boinc reconnait
quand une machine fonctionne sur batterie et peut appliquer une
politique particulière, par exemple mettre en pause les jobs en
cours d'exécution.  Je suppose que Folding@home supporte ce
genre de mécanisme également.

Ça fait également plus de dix ans que Boinc tourne de mon côté
également.  Je ne l'arrête qu'en cas de canicule et que le
ventilateur commence à être un peu trop bruyant à mon goût pour
maintenir le CPU à une température raisonable, ce qui est de
plus en plus fréquent malheureusement.  :(

Amicalement,
--
Étienne Mollier <[hidden email]>
Fingerprint:  5ab1 4edf 63bb ccff 8b54  2fa9 59da 56fe fff3 882d
Et Hip, Hip, Hip, Hourra !   Pour le personnel infirmier !   \o/

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

l0f4r0
In reply to this post by François LE GAD
Bonjour,

1 avr. 2020 à 11:31 de [hidden email]:

> Le 31/03/2020 à 19:42, [hidden email] a écrit :
>
>> 1) Avez-vous eu des difficultés à les installer sur votre Debian (Stable en particulier) ? Tournent-ils bien une fois installés ? Gérez-vous les travaux en mode GUI ou CLI ?
>>
> Foldingathome.
> On peut se contenter de télécharger et d'installer le paquet fahclient. Le port 8080 doit être ouvert en sortie. Il n'y a pas de connexions entrantes. Fahclient va se connecter régulièrement aux serveurs pour voir s'il y a du travail.
>
Questions toutes bêtes :
a) Comment se fait-il que malgré des logs tels que "Final credit estimate, XXX points" (somme de tous mes logs aux alentours de 10000 points), le score qui m'est attribué sur https://apps.foldingathome.org/teamstats/team51.html ne soit que de ~1500 ?
Il me semblait que la mise à jour était horaire pourtant...

b) Pourquoi suis-je introuvable sur https://stats.foldingathome.org/donors ?
Il y a un seuil à partir duquel on est listé ?

> Le paquet fahcontrol est facultatif. Il permet de voir ce qui se passe et de ralentir ou suspendre les calculs au besoin. Son installation est un peu plus compliquée, les dépendances se trouvant dans les dépôts Stretch (à ajouter dans le sources.list, au moins le temps de l'installer).
>
Je crois avoir lu qu'on pouvait faire abstraction des dépendances, enfin du moins faire en sorte que les erreurs ne soient pas bloquantes. J'imagine que c'est l'objet du switch "--force-depends" sur dpkg...
Du coup ma question c'est en quoi ce sont des dépendances si elles ne sont pas essentielles au bon fonctionnement de fahcontrol ? Ou peut-être cela rend-il fahcontrol moins fonctionnel voire instable ?
S'agit-il vraiment de dépendances strictes (Depends) et non Recommends, Suggests...

Par ailleurs, je n'ai pas de DE sur mon serveur donc fahcontrol en mode GUI ça risque d'être un peu compliqué...
Si j'ai bien compris je peux déporter l'affichage du serveur web fahcontrol en modifiant la section "<!-- Granting Remote Web Access" de mon /etc/fahclient/config.xml cad en autorisant l'IP d'un autre poste à y accéder ? Faut-il être forcément sur le réseau local ou peut-on y accéder depuis internet ?

1 avr. 2020 à 12:00 de [hidden email]:

> Il tourne chez moi depuis plus de 10 ans, non stop sauf les vacances.
> Actuellement sur un I7 4770K à 3.9 GHz, avec un Noctua de 150mm,
> la température est de 60°C en moyenne.
>
1 avr. 2020 à 19:35 de [hidden email]:

> Ça fait également plus de dix ans que Boinc tourne de mon côté
> également.  Je ne l'arrête qu'en cas de canicule et que le
> ventilateur commence à être un peu trop bruyant à mon goût pour
> maintenir le CPU à une température raisonable, ce qui est de
> plus en plus fréquent malheureusement.  :(
>
J'imagine que ça ne doit pas être sans impact sur vos factures d'électricité ? ;)

Merci par avance.
Bien cordialement,
l0f4r0

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

François LE GAD
Le 01/04/2020 à 21:15, [hidden email] a écrit :
> Je crois avoir lu qu'on pouvait faire abstraction des dépendances, enfin du moins faire en sorte que les erreurs ne soient pas bloquantes. J'imagine que c'est l'objet du switch "--force-depends" sur dpkg...
> Du coup ma question c'est en quoi ce sont des dépendances si elles ne sont pas essentielles au bon fonctionnement de fahcontrol ? Ou peut-être cela rend-il fahcontrol moins fonctionnel voire instable ?

Fahcontrol semble se comporter de la même façon avec ou sans les
dépendances. Le problème, c'est qu'il est considéré comme un paquet
cassé, qu'il faut désinstaller pour pouvoir faire toute installation ou
mise à jour de paquets. Apt commence d'ailleurs par le désinstaller
avant de faire quoi que ce soit d'autre.

--
François

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Re: Calculs distribués en Covid-19 (Folding@home, Rosetta@home...) sur Debian

François LE GAD
In reply to this post by l0f4r0
Le 01/04/2020 à 21:15, [hidden email] a écrit :
> Par ailleurs, je n'ai pas de DE sur mon serveur donc fahcontrol en mode GUI ça risque d'être un peu compliqué...

Je n'ai pas testé cette fonctionnalité, mais il doit permettre de
surveiller plusieurs postes en réseau en cliquant sur [Ajouter] en bas
de la fenêtre Clients.

--
François