Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

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Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Marc Chantreux
salut à tous,

je me permet de relayer cette annonce

vu qu'il y a des RFP dedans, je me permet de relayer
cette annonce:

https://lists.debian.org/debian-devel-announce/2020/03/msg00010.html

bon confinement,
marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

S L-2
Bonjour !
Merci, cela tombe bien, je viens de lire ceci

Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en
commun pour lutter contre le coronavirus
https://www.lesnumeriques.com/ordinateur/foldingathome-la-puissance-de-calcul-des-ordinateurs-mise-en-commun-pour-lutter-contre-le-coronavirus-n148701.html

https://fr.wikipedia.org/wiki/Folding@home

https://foldingathome.org/

J'installe BOINC sur toutes mes machines (tour, portable, smartphone,
tablette) depuis des années.

Article https://fr.wikipedia.org/wiki/Berkeley_Open_Infrastructure_for_Network_Computing

Site officiel https://boinc.berkeley.edu/download.php

Alliance Francophone http://www.boinc-af.org/

Rosetta, orienté biologie http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

En France il y a eu le Décrypthon de l'AFM contre la Dystrophie
Musculaire. Il est à présent inclus dans le World Community Grid
parrainé par IBM et accessible par BOINC.

Bons calculs !
Stef


Le dim. 29 mars 2020 à 16:58, Marc Chantreux <[hidden email]> a écrit :
> salut à tous, vu qu'il y a des RFP dedans, je me permets de relayer cette annonce:
>
> https://lists.debian.org/debian-devel-announce/2020/03/msg00010.html
>
> bon confinement, Marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Marc Chantreux
salut,

> Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en
> commun pour lutter contre le coronavirus

sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ...
en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par jour?

cordialement,
marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Basile Starynkevitch

On 29/03/2020 17:57, Marc Chantreux wrote:
> salut,
>
>> Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en
>> commun pour lutter contre le coronavirus
> sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ...
> en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par jour?


Je n'en sais rien mais j'imagine que c'est peu. Les calculs de biochimie
sont intensifs en flottants. Comme la plupart des calculs de maillage en
éléments finis, ou de MonteCarlo.


Par ailleurs, en France, l'électricité (y compris celle consommée par
les infrastructures datacenter et telecom et par nos PCs Debian laissés
allumés la nuit) est majoritairement nucléaire, donc elle produit peu de
gaz à effet de serre.


--
Basile Starynkevitch - http://starynkevitch.net/Basile/
Bourg La Reine, France      <[hidden email]>
opinions are only mine - les opinions sont seulement miennes

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Étienne Mollier
In reply to this post by Marc Chantreux
Marc Chantreux, on 2020-03-29 17:57:42 +0200:
> salut,
>
> > Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en
> > commun pour lutter contre le coronavirus
>
> sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ...
> en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par jour?

Bonjour,

Les volumétries sont directement dépendantes des jobs rédigés
par les chercheurs.  J'ai par exemple un échantillon de job
Rosetta à portée de main qui pèse environs 1 Go pour un temps de
calcul d'environs 10 heures.  Les données de travail sont
téléchargées par le client Boinc, traitées sans interactions
avec l'extérieur sur la machine, puis téléversées vers le
l'ordonnanceur du projet à la fin du traitement.

En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par
rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs.  J'aurais
tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est
négligeable devant celle déployée pour les traitements.

Amicalement,
--
Étienne Mollier <[hidden email]>
Fingerprint:  5ab1 4edf 63bb ccff 8b54  2fa9 59da 56fe fff3 882d
Et Hip, Hip, Hip, Hourra !   Pour le personnel infirmier !   \o/

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Marc Chantreux
In reply to this post by Basile Starynkevitch
salut,

> Je n'en sais rien mais j'imagine que c'est peu.

je l'imagine et je l'espère.

> Par ailleurs, en France, l'électricité (y compris celle consommée par les
> infrastructures datacenter et telecom et par nos PCs Debian laissés allumés
> la nuit) est majoritairement nucléaire, donc elle produit peu de gaz à effet
> de serre.

mais de l'uranium ... autant te dire que je ne considère pas ça comme un
argument :)

merci pour ton retour.

marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Marc Chantreux
In reply to this post by Étienne Mollier
hello,

> En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par
> rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs.  J'aurais
> tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est
> négligeable devant celle déployée pour les traitements.

bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire
confiance en l'absence d'autres chiffres.

cordialement,
marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

yves.croison
Sur Rosetta les temps de calcul varie de 1H a 24H ( on peut choisir ).

Le 29/03/2020 à 18:57, Marc Chantreux a écrit :

> hello,
>
>> En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par
>> rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs.  J'aurais
>> tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est
>> négligeable devant celle déployée pour les traitements.
> bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire
> confiance en l'absence d'autres chiffres.
>
> cordialement,
> marc
>

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Étienne Mollier
In reply to this post by Marc Chantreux
Marc Chantreux, on 2020-03-29 18:57:02 +0200:

> hello,
>
> > En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par
> > rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs.  J'aurais
> > tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est
> > négligeable devant celle déployée pour les traitements.
>
> bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire
> confiance en l'absence d'autres chiffres.
>
> cordialement,
> marc
J'ai oublié une précision, ce sont des jobs mono-cœur donc il
s'agit plutôt de 1G toute les 10h par cœur de processeur.  J'ai
arrondi à l'ordre de grandeur pour le job particulier que
j'avais sur ma machine à l'instant t.

Pour le projet Rosetta, les temps moyens d'exécution sont
disponibles dans le tableau « Tâches par application » à la page
ci-dessous :

        https://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php

On est plutôt autour de sept heures par job en moyenne à
l'échelle de ce projet.  D'autre projets peuvent avoir des
motifs différents (jobs plus courts, moins de données à
traiter), mais aucun ne fait usage intensif du réseau ; Boinc ne
s'y prête pas.

Amicalement,
--
Étienne Mollier <[hidden email]>
Fingerprint:  5ab1 4edf 63bb ccff 8b54  2fa9 59da 56fe fff3 882d
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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Marc Chantreux
In reply to this post by yves.croison
hello,

> Sur Rosetta les temps de calcul varie de 1H a 24H ( on peut choisir ).

mon idée en l'occurrence est de rentabiliser l'énergie passive d'une
machine: puisqu'elle est allumée en permanence de toute façon pour des
besoins fonctionels, autant lui faire chauffer un peu le CPU. donc pas
de problème à ce que ca prenne 24h.

cordialement,
marc

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

François LE GAD
In reply to this post by S L-2
Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit :
> Folding at home

À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à cause
d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de fonctionner.
Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les mises à jour sans
le désinstaller et le réinstaller  à chaque fois ? Il est considéré
comme un paquet cassé.

--
François

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

lann-2
Je suis passé par Boinc et le projet Rosetta@home

Le Mon, 30 Mar 2020 11:28:56 +0200,
François LE GAD <[hidden email]> a écrit :

> Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit :
> > Folding at home
>
> À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à
> cause d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de
> fonctionner. Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les
> mises à jour sans le désinstaller et le réinstaller  à chaque fois ?
> Il est considéré comme un paquet cassé.
>

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Guillaume Clercin
In reply to this post by François LE GAD
Bonjour,

On Mon, 30 Mar 2020 11:28:56 +0200
François LE GAD <[hidden email]> wrote:

> Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit :
> > Folding at home
>
> À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à
> cause d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de
> fonctionner. Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les
> mises à jour sans le désinstaller et le réinstaller  à chaque fois ?
> Il est considéré comme un paquet cassé.
De mon coté, après avoir forcé l'installation du paquet, Fahcontrol ne
fonctionnait pas.

J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier
« /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch.
Ensuite, j'ai fait:
# aptitude update
# aptitude install -f
Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes.

>
> --
> François
>

Guillaume

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

François LE GAD
Le 31/03/2020 à 13:49, Guillaume Clercin a écrit :
> J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier
> « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch.
> Ensuite, j'ai fait:
> # aptitude update
> # aptitude install -f
> Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes.

Merci Guillaume.
Ça m'a permis d'installer python-gnome2 qui est absent des dépôts Buster.

--
François

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

l0f4r0
In reply to this post by Guillaume Clercin
Bonjour,

31 mars 2020 à 13:49 de [hidden email]:

> J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier
> « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch.
> Ensuite, j'ai fait:
> # aptitude update
> # aptitude install -f
> Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes.
>
Ce genre de manips à base de mélange de dépôts qui dépannent bien sur le moment, rendent le système incohérent/broken non ?Je suppose que le prix à payer va être plus d'effort par la suite pour garder un minimum de suivi dans l'évolution des paquets et éventuellement se dépatouiller de situations tordues qui risquent de se présenter genre multiples conflits inter-paquets...
Quelles sont les actions typiques que vous mettez en place suite à ce genre de tweaks svp ?

Bien cordialement,
l0f4r0

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

Guillaume Clercin
On Tue, 31 Mar 2020 15:25:14 +0200 (CEST)
[hidden email] wrote:

> Bonjour,
>
> 31 mars 2020 à 13:49 de [hidden email]:
>
> > J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier
> > « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch.
> > Ensuite, j'ai fait:
> > # aptitude update
> > # aptitude install -f
> > Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes.
> >
> Ce genre de manips à base de mélange de dépôts qui dépannent bien sur
> le moment, rendent le système incohérent/broken non ?Je suppose que
> le prix à payer va être plus d'effort par la suite pour garder un
> minimum de suivi dans l'évolution des paquets et éventuellement se
> dépatouiller de situations tordues qui risquent de se présenter genre
> multiples conflits inter-paquets... Quelles sont les actions typiques
> que vous mettez en place suite à ce genre de tweaks svp ?
Certes, si on multiplie le nombre de dépôts, cela va compliquer le
travail apt pour résoudre les conflits.
Si on veut une solution temporaire, on peut ensuite
désactiver/supprimer le dépôt de son « /etc/apt/sources.list ». Alors,
apt considéra les paquets récemment installés comme obsolète ou comme
installé localement.
Dans le fichier « /etc/apt/sources.list » sur un ordinateur, j'utilise
les dépôts de la stretch, buster, bullseye et sid et je n'ai pas
spécialement de difficulté à gérer les conflits.

>
> Bien cordialement,
> l0f4r0
>
Cordialement,
Guillaume

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Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)

François LE GAD
Le 31/03/2020 à 16:46, Guillaume Clercin a écrit :
> Dans le fichier « /etc/apt/sources.list » sur un ordinateur, j'utilise
> les dépôts de la stretch, buster, bullseye et sid et je n'ai pas
> spécialement de difficulté à gérer les conflits.

Et il faut bien sûr avoir un fichier /etc/apt/preferences bien configuré.

--
François